Die Handlung des Romans springt zwischen zwei unterschiedlichen Zeiten - dem Zweiten Weltkrieg und der Gegenwart - und zunächst drei unterschiedlichen Hauptpersonen hin und her - die beiden Helden aus den 40er Jahren sind der Mathematiker Lawrence Waterhouse, ein Kryptoanalytiker, und der US-Marine Bobby Shaftoe, der durch die ganze Welt geschickt wird, darüber aber mehr als verwirrt ist, es aber mit stoischer Ruhe hinnimmt. Die beiden Männer gehören zum Sonderkommando 2702, einer Alliiertengruppe, die versucht, die Kommunikationskodes der Achsenmächte zu knacken. Gleichzeitig ist sie bemüht zu verhindern, dass der Feind dahinter kommt, dass seine Kodes bereits geknackt sind.

Die Hauptfigur der Gegenwartshandlung sind die Enkel der Weltkriegshelden - der Programmierfreak Randy Waterhouse und Amy Shaftoe. Randy ist eigentlich mit einigen Freunden nach Asien gekommen, um dort eine Datenoase zu erschaffen, die einerseits vielen ein Dorn im Auge ist, andererseits aber auch die Gier von Konkurrenten weckt, die ihnen das Geschäft streitig machen wollen. Randys Unternehmen arbeitet dabei mit den Shaftoes zusammen, die die Unterwasser-Arbeiten beim Verlegen der Kabel übernehmen und dabei auf ein gesunkenes Nazi-U-Boot stoßen - in dem sie eine Reihe von Goldbarren finden. Das bringt sie auf die Spur eines gigantischen Goldschatzes, den die Japaner mit Unterstützung von Nazi-Deutschland in den Philipinen angelegt haben, der aber auch ein halbes Jahrhundert nach dem Ende des Krieges nicht gefunden wurde.

"Cryptonomicon" ist ein mehr als ungewöhnliches Buch. Der Autor erschwert dem Leser das Vergnügen zunächst einmal damit, daß er ohne Kenntlichmachung drei unterschiedliche Handlungsstränge verfolgt, die scheinbar überhaupt nichts miteinander zu tun haben (ganz zu schweigen davon, daß sich eine Person zeitweise im Morphiumrausch befindet und man ihrer Sicht der Ereignisse nicht vertrauen kann). Erst nach etwa einem Drittel des Buches lüftet sich der Schleier, und man beginnt zu ahnen, wohin die Reise geht, daß alle Handlungsstränge irgendwann zusammenlaufen werden - und daß man ein großartiges Buch vor sich hat. Das Lesevergnügen steigert sich dann nach etwa der Hälfte des Romans, als Stephenson den Humor für sich entdeckt und großartig ironische Schilderungen über eine fiktive Region am Rande Schottlands namens Qwghlm, in der alles ein wenig anders ist. Wenn er sich ein Kapitel lang darüber ausläßt, wie eine Gruppe durchgeknallter Mathematiker Erbschaftsstreitigkeiten mit Hilfe der Statistik löst. Und einen Zusammenhang zwischen Orgelpfeifen und der Befriedigung menschlicher Bedürfnisse herstellt.

Wenn man die Handlung nüchtern betrachtet, muß man wohl gestehen, daß man sie auch in wesentlich weniger Seiten hätte verpacken können, aber Stephensons Liebe zum Detail wirkt in keiner Minute langweilig, weil er sich zahlreiche liebevolle Einzelheiten ausdenkt, so daß man das Buch dennoch nicht aus der Hand legen kann. Erstaunlicherweise bleibt er aber gleichzeitig bei anderen Dingen recht oberflächlich (Beispiel: Zeta-Funktionen und wie funktionieren sie?) Aber selbst wenn man wenig übrig hat für Mathematik und Kryptographie, hat man doch seine Freude an dem Roman, da er ausgesprochen gut geschrieben (und übersetzt) ist. Am Ende wünscht man sich neben den bereits vorhandenen ca. 1.200 Seiten jedoch noch weitere Kapitel, da der Schluß etwas abrupt eintritt und den Leser nicht wirklich zufriedenstellt, da er viele Fragen noch offen läßt.